Для интернет-магазинов ЕНВД и патентная система налогообложения не применяются, совмещать ОСНО и УСНО тоже нельзя, поэтому налогообложение будет осуществляться также по ОСНО. Налоговый учет ведется так же, как и для других организаций оптово-розничной торговли.
Одной из основных проблем, с которыми сталкиваются действующие в России интернет-магазины, является необходимость организации кассового учета. Учитывая, что с наличными магазин работать не планирует, применение ККМ не требуется. Однако никто не освобождает интернет-магазины от необходимости использования онлайн-касс, которые записывают информацию о покупке на фискальный носитель и передают ее в налоговую. Интернет-магазин освобождается от обязанности применять онлайн-кассы, если продает товары юридическим лицам, принимает оплату через Почту России, или магазин торгует изделиями народно-художественных промыслов, которые он сам изготавливает, а также в других случаях, определяемых ст.2 54 ФЗ.
Банк, обеспечивающий онлайн-магазин услугами интернет-эквайринга, не реализует товары и услуги от имени продавца и не является его агентом, поэтому не выдает чеков после совершения покупки. Поэтому интернет-магазин должен обеспечить возможность получения товарного чека покупателем, при этом, если платеж был осуществлен через сайт, то интернет-магазин не обязан печатать бумажный чек, это может быть электронный чек, высылаемый на электронный адрес клиента или на его телефон. Требования к фискальному чеку определены ст.4.7 54 ФЗ.
Другой вопрос, который может вызвать интерес налоговых органов, это возможность использования нулевого НДС при реализации товаров физическим лицам за рубеж. Для получения возмещения магазин обязан предъявить в налоговый орган подтверждение оплаты товара и копию таможенной декларации. Однако при больших объемах экспортных продаж, у интернет-магазинов возникают значительные сложности с предоставлением больших кип документов. Сегодня запущен пилотный проект, который со следующего года позволит упростить документооборот и даст возможность интернет-магазинам пользоваться нулевым НДС при продаже товаров за пределы России.