Так, в частности, проверяется сумма налога, уплаченная с доходов, выплаченных в последнем квартале (месяце) отчетного (налогового) периода и если она равна нулю, то налоговые проверяющие направят сообщение о выявленных ошибках, противоречиях, несоответствиях (п. 3 ст. 88 Налогового кодекса). Налогоплательщику нужно будет представить пояснения в течение пяти дней или внести соответствующие исправления в установленный срок.
Также проверяется обоснованность применения отраженной ставки налога, валюты выплаты дохода, отражения кодов фактического права на доход и ставки налога. В случае выявленных несоответствий также инспекторы направят сообщение о выявленных ошибках, противоречиях, несоответствиях, в ответ на которое нужно представить пояснения или внести соответствующие изменения. Если после рассмотрения представленных пояснений и документов либо при отсутствии пояснений налогоплательщика установлен факт нарушения законодательства о налогах и сборах, то проверяющими будет составлен акт проверки (ст. 100 НК РФ).
Источник: Информационно-правовой портал ГАРАНТ.РУ